会の趣旨

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、生命科学分野で利用されるデータベースや、 データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、 オープンソースとして公開することを目的としたハッカソンです。

ハッカソンで行うことには、RのパッケージをBioconductorで公開することを「主に」想定しています。 (ただしRでなくPython、Julia、Rustといった言語のパッケージ[PyPI、conda-forge、crate]でもOKです!) またBioPackathonは http://bioc2020.bioconductor.org/workshops などの資料を日本語で説明し、 日本から新たなBioconductorへの貢献者を生むことを推し進めています。 さしあたっての目標は 「Bioconductorのpackage authorを増やし、2021年のBioC Asiaを日本で開催すること」 です。

「Bioconductorがいかなるものか」や「そのコミュニティ」については本スライドをご覧ください。 「Bio"Pack"athonの紹介」は本スライドをご覧ください。

Bio"Pack"athonは毎月第2水曜の夕方5時からZoomを用いて行っています。 ZoomのURLはconnpassの「参加者への情報」機能により本イベントページに表示されるようになっています。 (「参加者への情報」は参加登録者と発表者のみに公開されます)

(海外から参加してくださる方がいる場合はGoogle MeetとそのLive Captions機能を用いる予定です。)

Bio"Pack"athonはBioconductorからBioconductorのコミュニティイベントの一つとして認識されています。 (Bioconductorの公式イベントカレンダーを参照するには こちら をクリックしてください)

これまでの活動の記録は https://sites.google.com/view/biopackathon/ をご覧ください。

スケジュール

17:00 ~ 17:10, Bio"Pack"athonの紹介 @kozo2

17:10 ~ 17:30 画像関連分野の総説の紹介とRでの開発状況の話 @skume

17:30 ~ 17:45 Bioconductorパッケージの作り方 @kozo2

17:45 ~ 19:30, パッケージ開発 (開発計画の共有、それに関する質問など)

19:30 ~ 20:00, まとめ