募集内容 |
参加枠1 無料
先着順
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申込者 | 申込者一覧を見る |
開催日時 |
2020/05/29(金) 18:00 ~ 22:00
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募集期間 |
2020/05/20(水) 15:41
〜 |
会場 |
オンライン オンライン |
イベントの説明
Bio"Pack"athonについて
Bio"Pack"athon(バイオパッカソン)は、生命科学分野で利用されるデータベースや、データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、オープンソースで公開することを目的としたハッカソンです。 使用言語は、今のところR、Julia、Pythonを想定しています。
こんな方をターゲットとして想定しています:
- 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの(例: データ、アルゴリズム)がある人
- (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人
参加目的の実例としては下記のようなものがあります:
- 例1: Bioconductorのauthorになりたい(そのためのRパッケージを持っている)がそのための手続きがわからない。
- 例2: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
- 例3: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
- 例4: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
- 例5: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
- 例6: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。
オンライン会場について
ZoomもしくはGoogle Meetを用います。(どちらかを用います。どちらを用いるかは検討中です。) 招待リンクはconnpassの参加登録者へのメッセージ機能を用いてお伝えします(connpassの登録アドレスにメールが届きます)。
注意事項
第1部の模様は録画し、 biopackathon のYouTube チャンネル で後日公開します。
第2部の模様は録画しません。
第2部の情報は biopackathon の HackMD team で公開しています。
プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:50
18:00 ~ 18:10 西田孝三 「BioPackathonの紹介」
18:10 ~ 18:30 西田孝三 「GitHub ActionsでBiocCheckしよう」
18:30 ~ 18:50 未定 「未定」
プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~
19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有
19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)
21:00 ~ もくもく会結果の共有
21:30 ~ 呑み会(その場の流れに応じて。他愛なく近況を話しつつ開発します。お好きなドリンクを持ってどうぞ。)